一、结论

你公司签订的借款合同属于流动资金周转性借款合同，根据规定，你公司应按照合同规定的最高借款限额计税贴花。

二、分析

借款人在规定的期限和最高限额内随借随还，只以其规定的最高额为计税依据，在签订时贴花一次，在限额内随借随还不签订新合同的，不再另贴印花。你公司与某银行签订最高限额为5000万元的流动资金周转借款合同，因此，应当以5000万元为计税依据缴纳印花税。

三、税法依据

根据《国家税务局关于对借款合同贴花问题的具体规定》（国税地[1988]30号）第二条规定：借贷双方签订的流动资金周转性借款合同，一般按年（期） 签订，规定最高限额，借款人在规定的期限和最高限额内随借随还。为此，在签订流动资金周转借款合同时，应按合同规定的最高借款限额计税贴花。以后，只要在限额内随借随还，不再签新合同的，就不另贴印花。

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