一、结论

你公司若取得A公司关联公司开具的发票，增值税进行税额不予许抵扣，且不能作为企业所得税税前扣除的合法有效凭据。

二、建议

你公司应要求A公司向你公司开具增值税发票，不能接受其关联公司开具的增值税专用发票。

三、税法依据

增值税方面：

根据《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发[1995]192号）第三项规定：纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。

企业所得税方面：                   

根据《中华人民共和国企业所得税法》第八条的规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。

根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条规定，不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。

根据《国家税务总局关于印发进一步加强税收征管若干具体措施的通知》（国税发[2009]114号）第六条的规定，未按规定取得的合法有效凭据不得在税前扣除。

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