税台注释：该文自2008年5月14日起废止，依据《国家税务总局关于印发《增值税抵扣凭证协查管理办法》的通知》（国税发〔2008〕51号）。
为了防范和打击虚开增值税专用发票等违法犯罪活动，加强增值税专用发票协查监控管理，提高增值税专用发票协查效率，总局制定了《增值税专用发票协查管理办法》，同时组织开发了与之配套的《协查信息管理系统》(以下简称《系统》)。根据计划安排，总局决定于2001年1月1日和7月1日，分别在“五省四市”和全国推广使用该《系统》。现将《增值税专用发票协查管理办法》印发给你们，请依照执行。执行中有何问题，请及时上报总局。
国家税务总局
2000年11月6日
附：增值税专用发票协查管理办法
第一条 为了打击防范虚开增值税专用发票等违法犯罪活动，规范增值税专用发票协查(以下简称协查)管理，制定本办法。
第二条 县或者县以上税务机关(以下简称受托方)必须依照本办法接受其他地区同级税务机关(以下简称委托方)的委托或者按照上级税务机关的布置，对有疑问的或者已确定虚开的增值税专用发票进行查证和处理。
第三条 国家税务总局稽查局和各级国家税务局稽查局必须设立协查岗位，配备专职人员负责协查的组织、监控管理、考核工作。
第四条 协查信息通过国家税务总局《协查信息管理系统》网络(以下简称协查系统)传递，有关协查资料另行寄送或者报送。
第五条 同级税务机关之间的协查，采取直接发函复函的方式进行；上级税务机关组织的协查，采取逐级发函复函的方式进行。
第六条 委托方对有疑问的增值税专用发票，应向受托方发送《增值税专用发票协查函》(以下简称协查函)，同时明确协查内容和要求。
第七条 委托方对已确定虚开的增值税专用发票，应向受托方发送《已证实虚开的增值税专用发票通知单》(以下简称通知单)，并寄送已定性为虚开的书面证明。
第八条 受托方对有疑问的增值税专用发票，应查证以下情况：(一)确认是否有开票企业，该企业是否有需要协查的增值税专用发票。(二)确认增值税专用发票的真伪，以及是否为废票或者丢失被盗发票。(三)查证增值税专用发票票面填开的项目内容是否真实准确。(四)查证销售货物或者应税劳务交易是否真实；查证出口货物是否自产。(五)查证票款结算是否相符，往来是否一致。
第九条 税务机关内部各机构需要委托其他地区协查或者报请上级税务机关组织协查的增值税专用发票，由稽查局确认，分别不同情况填制协查函、通知单或者协查报告，经稽查局长或者主管税务局长审批后，传递给有关地区或者报送上级税务机关。
第十条 应当报请上级税务机关组织协查的案件，案发地税务机关填写《增值税专用发票案件协查报告》(以下简称协查报告)，经主管税务局长审批后逐级上报，上级税务机关应予及时审核处理。协查案件价税合计在1000万元以上不满5000万元的，由地级国家税务局稽查局组织协查；价税合计在5000万元以上不满1亿元的，由省级国家税务局稽查局组织协查；价税合计在1亿元以上的，由国家税务总局稽查局组织协查。价税合计不足上述数额，但上级税务机关认为需要自己组织协查的，可以直接组织协查。
第十一条 受托方接到协查函或者通知单后，由稽查局长或主管税务局长签批。需要本级协查的，应及时进行分捡，并填制《协查处理单》报主管领导审批后，送承办机构实施协查；需要下级协查的，批转下级实施协查。
第十二条 受托方完成协查事项后，填制《增值税专用发票协查回复函》(以下简称回复函)，经稽查局长或者主管税务局长审批后，传递给委托方，并按照委托方的协查要求寄送相关材料。
第十三条 受托方对有疑问的增值税专用发票，应当在一个月内回复调查结果；对已证实虚开的增值税专用发票，应当在两个月内回复税务处理结果。遇有特殊情况不能按时完成协查事项的，报上一级税务机关批准后，及时通知委托方。
第十四条 对受托方逾期未回复协查结果的，上一级税务机关应当催办，并发出《增值税专用发票协查催办单》。
第十五条 协查双方在传递协查信息时，均须由主管领导、经办人、录入员审核签字。
第十六条 协查函件和有关证据资料必须依照档案管理规定及时归档，同时备份电子文件。第十七条 受托方应当就委托协查的全部事项进行调查，不得推诿、敷衍。对协查工作中提供虚假情况，泄露案情，以及因工作失职造成严重后果的，依法追究有关人员和主管领导的法律责任。
第十八条 上级税务机关对下级税务机关的协查工作进行逐级监控，对增值税专用发票协查的回复率等指标逐级进行考核，定期通报协查情况。
第十九条 省级国家税务局稽查局应当在每半年终了后20日内向国家税务总局稽查局报送《增值税专用发票协查情况统计表》。
第二十条 各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局根据本办法，制定具体规定，报国家税务总局备案。
第二十一条 本办法自协查系统运行之日起实施。
