为加强跨地区经营汇总纳税企业所得税的征收管理，根据《财政部国家税务总局中国人民银行关于印发〈跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法〉的通知》（财预[2012]40号）（以下简称40号文件）等的精神，税务总局在充分调查研究的基础上，对《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法>的通知》（国税发[2008]28号）（以下简称28号文件）进行了修订和完善，制定了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（以下简称《办法》），并发布公告。现将《办法》的主要内容解读如下：
一、如何把握40号文件的主要政策变化点？
与《财政部国家税务总局中国人民银行关于印发<跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法>的通知》（财预[2008]10号)相比，40号文件的政策变化点主要体现在：（1）明确总分机构参与汇算清缴税款分配，即汇算清缴应补应退税款按照预缴分配比例分配给总分机构，由总分机构就地办理税款缴库或退库，改变了汇缴补退税均通过中央国库办理、总分机构都不参与就地分享的做法。（2）明确了总分机构查补税款就地入库问题，突破了就地监管的政策瓶颈。（3）不适用范围的调整，企业所得税全额归属中央收入的企业由14家调整为15家。（4）分支机构“三因素”所属区间的调整，统一确定为上年度，不再区分上上年度和上年度。（5）明确当年撤销的分支机构自办理注销税务登记之日起不参与分摊，不再从第二年起才不参与分摊。（6）采用会计准则的表述和口径，将“三因素”中的“经营收入”改为“营业收入”，“职工工资”调整为“职工薪酬”，对“资产总额”的解释不再排除无形资产。（7）增设和修订了若干预算科目。这些政策变化点，都已完整地体现在《办法》相关条款中。
二、现行跨地区经营汇总纳税企业所得税征管的文件主要有哪些？《办法》与这些文件的关系是什么？
现行跨地区经营汇总纳税企业所得税征管方面的文件，主要包括28号文件、国税函[2008]747号、国税函[2008]958号、国税函[2009]221号、国税发[2009]79号、国税发[2008]120号、税务总局公告2011年第25号、税务总局公告2012年第12号等文件，其中，28号文件是核心规定，其他文件是重要补充。
《办法》以28号文件为母版进行了增减修订，增加了二级分支机构判定（第四条、第二十三条、第二十四条）、不同税率地区计算（第十八条）和计算差错纠正（第二十条）（来自国税函[2009]221号），新设分支机构判定（第十六条）（来自国税函[2008]958号），分支机构汇缴报送资料（第十一条）（来自国税函[2009]221号、国税发[2009]79号），资产损失管理（第二十五条）（来自税务总局公告2011年第25号），税收优惠管理（第二十六条）（来自税务总局公告2012年第12号），不得核定征收（第三十一条）（来自国税函[2008]747号），征管范围划分（第三十条）（来自国税发[2008]120号）等很多现行有效规定，并进行了更为准确和精炼地表述。
三、如何把握《办法》的基本框架和主要内容？
《办法》共三十三条，分为总则、税款预缴和汇算清缴、总分机构分摊税款的计算、日常管理、附则等五部分。具体来说：
第一章：总则（共五条）。主要包括立法依据、适用范围、总体管理办法等规定，解决了《办法》中一般性和总括性的重要问题。
第二章：税款预缴和汇算清缴（共七条）。主要包括税款分配基本格局、预缴申报和汇缴申报的内容，属于汇总纳税企业所得税征收管理中的征收部分，突出了汇缴申报中分支机构分配表（第十一条）的作用，明确首次预缴申报时报送分支机构上一年度的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）（第九条），以利于相互比对，也有利于就地启动税务检查。
第三章：总分机构分摊税款的计算（共八条）。概括了总机构、分支机构计算分摊税款的全过程，与28号文件相比，这一计算过程更加完整和系统，突出强调了总机构计算公式（第十三条）、分支机构计算公式（第十四条）、分支机构“三因素”所属区间（第十七条）、总分机构不同税率情况下的计算（第十八条）和计算错误的处理（第二十条）。
第四章：日常管理（共十一条）。初步搭建了一个涵盖税务登记信息沟通、二级分支机构判定、挂靠机构处理、资产损失管理、税收优惠管理、税务检查（税款计算、分配、信息沟通）、信息平台建设和维护、总分机构主管税务机关划分、征收方式鉴定等较为系统的日常管理体系。突出了沟通与协作的重要性（第四章），强调了就地监管机制中“二级分支机构判定”（第二十三条、二十四条）和“就地检查”（第二十七条、二十八条）的管理抓手作用。
第五章：附则（共两条）。包括授权条款、施行时间、废除文件和新旧衔接条款。
四、跨地区经营汇总纳税企业如何进行企业所得税汇算清缴？
《办法》第十条规定：汇总纳税企业汇算清缴时，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。同时明确：涉及退税时，也可经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。第十一条规定了总分支机构汇算清缴时应报送的申报表、财务报表及其他相关资料。
纳税人关注的是分支机构是否要实质地参与汇算清缴，是否进行年度纳税调整，从上述规定可以看出，汇算清缴的主体仍然是总机构，分支机构并不需要进行年度纳税调整，自行计算应纳税所得额和应纳税额，只是根据总机构填报的分配表中应缴应退的税款，就地申报补退税。为了保证汇缴工作的顺利进行，也需要分支机构填列年度纳税申报表，但只需要填列有限的几项，与总机构的年度纳税申报完全是两个概念。同时，为便利就地实施税务检查，也需要分支机构报送参与企业年度纳税调整情况的说明，该说明由总机构确认后提交，涉及需由总机构统一计算调整的项目不进行说明。
五、对二级分支机构查补税款如何计算？如何在总分机构之间进行分摊？依据的原则是什么？
税务总局广泛征求了财政部、各省市国地税局以及部分纳税人的意见。综合各方反馈意见，对二级分支机构查补税款计算与分摊入库问题的处理要遵循三个原则，一是要坚持法人所得税制，二是要遵循40号文件的基本分配框架，三是要尽量提高二级分支机构所在地税务机关就地监管的积极性。
基于此，《办法》第二十八条明确，二级分支机构所在地主管税务机关可自行对其主管二级分支机构实施税务检查，但对查补税款的计算应按照法人所得税制的要求进行，不得侵犯纳税人的合法权益。同时明确，对二级分支机构的查补税款，50%应分配给总机构缴纳（总机构所在地和中央国库待分配账户各占25%），50%分配给参与检查的二级分支机构缴纳，没参与检查的其他二级分支机构不参与查补税款的分配。这样，既坚持了40号文件的基本分配格局，又适当体现了对就地监管努力的尊重，有利于提高征管效率，堵塞征管漏洞。另外，对这一问题的处理，也将在税务总局与财政部、中国人民银行联合发布的文件中得到体现。
六、跨地区经营汇总纳税企业哪些机构就地分摊缴纳企业所得税？哪些机构不就地分摊缴纳企业所得税？
（一）就地分摊缴纳企业所得税的机构。《办法》第四条规定：总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。这是对二级分支机构法律形式和运营特点的一般概括。
办法同时明确了一种视同二级分支机构的情形，属于二级分支机构特例。第十六条第一款规定：总机构设立具有主体生产经营职能的部门（非办法第四条规定的二级分支机构），且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构，按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税；该部门与管理职能部门的营业收入、职工薪酬和资产总额不能分开核算的，该部门不得视同一个二级分支机构，不得按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
（二）不就地分摊缴纳企业所得税的机构。《办法》第五条明确了不就地分摊缴纳企业所得税的二级分支机构，具体包括：（1）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。（2）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。（3）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。（4）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。（5）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
对新设立的二级分支机构，第十六条第二款、第三款明确了两种例外情形，即不视同新设二级分支机构的情形，主要考虑这些机构之前已经存在并已就地分摊缴纳税款，重组之后继续作为二级分支机构管理的，按照实质重于形式的原则，不应作为新设分支机构，应该按规定继续计算分摊并就地缴纳税款。具体包括企业外部重组与内部重组两种情形：（1）汇总纳税企业当年由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的二级分支机构，并作为本企业二级分支机构管理的，该二级分支机构不视同当年新设立的二级分支机构，应按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。（2）汇总纳税企业内就地分摊缴纳企业所得税的总机构、二级分支机构之间，发生合并、分立、管理层级变更等形成的新设或存续的二级分支机构，不视同当年新设立的二级分支机构,应按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
七、分支机构计算分摊税款的三个因素如何确定？计算分摊税款的比例是否调整？
（一）“三因素”的确定。《办法》第十五条明确规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例。这就将“三因素”的所属区间统一限定为“上年度”，改变了28号文件对“三因素”所属区间“1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度”的规定，保证了一个纳税年度内上半年预缴、下半年预缴以及汇算清缴都采用一个所属区间的“三因素”数额计算分配比例，还可以克服新设立企业第二年上半年因没有上上年度“三因素”数额而无法参与就地分摊缴税的问题。
第十七条又细化了“三因素”的具体所属区间和具体内涵，即上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，是指分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据，是依照国家统一会计制度的规定核算的数据。明确了“三因素”是会计核算数据，而不是《企业所得税法》规定的概念，不需要进行纳税调整，这可以提高“三因素”的确定性，减少总分支机构主管税务机关之间的分歧。
（二）分摊税款比例的调整。第十五条规定，分支机构分摊比例按《办法》规定方法一经确定后，当年一般不作调整，即在当年预缴税款和汇算清缴时均采用同一分摊比例。针对上市公司等在首次预缴分摊采用的“三因素”与其后经过注册会计师审计的“三因素”数据存在差异的情况，第十七条进一步说明，一个纳税年度内，总机构首次计算分摊税款时采用的分支机构“三因素”数据，与此后经过中国注册会计师审计确认的数据不一致的，不作调整，保证了年度内分摊比例的一致性。
同时，第十五条也针对个别情况规定了例外情形，即出现《办法》第五条第（四）项（当年撤销分支机构不再参与分摊）和第十六条第二款（总机构设立具有主体生产经营职能部门视同分支机构，参与分摊）、第三款（企业外部重组与内部重组形成新分支机构不视同新设分支机构，参与分摊）情形外，应重新计算分摊比例。考虑到这是例外情形，并不会对分配比例的一致性造成冲击。
八、跨地区经营汇总纳税企业2012年度汇算清缴是否适用该《办法》？2013年度预缴企业所得税款时如何与现行的预缴申报表衔接？
40号文件和《办法》均自2013年1月1日起施行，考虑到企业所得税“按年计算，分月或分季预缴，年终汇算清缴”的特点，汇总纳税企业2012年度企业所得税汇算清缴时仍适用财预[2008]10号文件和28号文件，不适用40号文件和《办法》。
考虑到40号文件与财预[2008]10号文件相比，跨地区经营汇总纳税企业所得税分配及预算管理格局并无实质调整，不拟同步修订现行的汇总纳税企业所得税预缴申报表和分支机构所得税分配表。汇总纳税企业2013年度开始预缴企业所得税时，仍可按《国家税务总局关于发布<中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表>等报表的公告》（税务总局公告2011年第64号）和《国家税务总局关于发布<中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表>等报表的补充公告》（税务总局公告2011年第76号）规定的表格进行税款分配和预缴，表格中项目内容与《办法》不一致的，按《办法》执行。
