税台注释：该文自2013年6月19日起废止，依据《国家税务总局关于印发《税收违法案件发票协查管理办法（试行）》的通知》（税总发〔2013〕66号）。
各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局：
为规范涉及增值税抵扣凭证（包括增值税专用发票、税务机关为小规模纳税人代开的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、废旧物资发票）税收违法案件的协查工作，提高案件协查质量，国家税务总局对以往有关税收违法案件协查工作的规范性文件进行了修订和整合，制订了《增值税抵扣凭证协查管理办法》。现印发给你们，请遵照执行，在执行中如发现问题，请及时上报国家税务总局（稽查局）。
国家税务总局
二○○八年五月十四日
增值税抵扣凭证协查管理办法
第一章 总则
第一条为了规范涉及增值税抵扣凭证（包括增值税专用发票、税务机关为小规模纳税人代开的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、废旧物资发票，下同）税收违法案件的协查工作，提高案件协查质量，依据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关法律法规，制订本办法。
第二条涉及增值税抵扣凭证税收违法案件的协查（以下简称协查）是指各级税务机关稽查局（以下简称稽查局）在案件检查过程中，案发地稽查局（以下简称委托方）将检查发现有疑问或者已确定虚开的增值税抵扣凭证及相关信息发送给涉案地稽查局（以下简称受托方），受托方对增值税抵扣凭证所记载的经济事项和反映的经济活动进行检查处理、取得相关证据并反馈协查结果的工作。
第三条协查工作遵循真实、合法、相关和安全的原则。
第四条协查工作由稽查局负责完成。
第五条协查工作应通过协查信息管理系统（以下简称协查系统）开展，配合寄送纸质证据材料。除另有规定外，委托方不得发纸质协查函，受托方收到纸质协查函应予退回。
第二章 委托协查管理
第六条委托方在案件检查过程中，应依据案情需要通过协查系统发起协查。
第七条委托协查函的内容包括：发票的信息和《关于××案件的协查要求》（以下简称《协查要求》）。
《协查要求》的内容包括：基本案情、已掌握的疑点或线索、其他需要说明的事项、负责案件检查和协查工作的联系人和联系方式。需要受托方配合检查的内容、取证要求、回复期限、组卷及寄送要求等。
第八条发起委托协查应遵循以下要求和程序：
（一）委托协查函录入的增值税抵扣凭证信息应与纸质票面信息一致。采用电子信息导入方式的应符合协查系统导入数据的格式要求，对缺项的信息予以补录，使电子信息与纸质票面信息一致。如无纸质发票，应录入委托方被查对象信息和增值税抵扣凭证的电子信息。
（二）依据协查的发票数量，委托方可选择按照“受托方被查对象一户一函”或“委托方被查对象一户一函”方式组织发函，协查函的名称统一为“××案件协查－××纳税人”。（三）国家税务总局稽查局组织查办或督办的重大案件，应录入案件编号。
（四）委托方负责人应对待发委托协查函进行审批。
（五）已确定虚开增值税抵扣凭证的案件，委托方应在通过网络发送委托协查信息后1个工作日内，将纸质《已证实虚开通知单》及相关证据资料按照案件保密的有关要求寄送受托方。
（六）委托方与受托方应共同做好信息交换工作，交流案情线索，及时向上级督办稽查局汇报进展情况。
（七）委托方收到受托方回函后，应做好统计分析工作，包括协查系统内的数据统计分析和受托方寄来的《增值税抵扣凭证案件协查案卷》（以下简称《协查案卷》）的整理和分析。
（八）委托方依据协查回函进一步组织查处，查实被查对象存在税收违法行为并作出相应税务处理或税务行政处罚，应依据《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》和入库凭证，在协查系统内录入所协查的发票对应的查处结果和入库结果。
（九）委托方应依据《涉税案件移送书》在协查系统内录入被查对象移送司法机关情况。
第九条委托方收到协查回函结果后，需再次发出委托协查，应详细说明新发现的违法事实或疑点。
第十条除另有规定外，涉案发票的票面合计金额在1000万元以上不满5000万元的，由市（州）稽查局组织协查；票面合计金额在5000万元以上不满1亿元的，由省、直辖市、自治区和计划单列市（以下简称省）稽查局组织协查；票面合计金额在1亿元以上的，由国家税务总局稽查局组织协查。
票面合计金额未达到上级组织协查标准的，经上级稽查局审批同意，委托方可提请上级组织协查。
国家税务总局稽查局组织查办或督办的重大案件，或有特殊要求的其他重大案件的协查，应由国家税务总局稽查局组织。
省税务机关组织查办的案件需要发出委托协查，应由省稽查局组织。
第十一条国家税务总局稽查局组织查办或督办的属于涉密案件的协查，经国家税务总局稽查局批准后，委托方可在协查系统内采取加密法生成委托协查函。
第三章
受托协查管理
第十二条受托方应依据委托方《协查要求》组织人员进行检查，并将协查函作为稽查线索，发现被查对象涉嫌偷骗税等税收违法行为达到《税务稽查工作规程》立案标准，按照有关规定立案查处。
第十三条受托方应遵循以下要求和程序开展工作：
（一）及时登记协查系统的协查函。
（二）稽查局负责人对接收后待检查和检查后待回复的信息进行审批。
（三）依据委托方《协查要求》开展检查工作。
（四）依据检查情况，按照《增值税抵扣凭证协查结果代码定义》逐项选择协查结果代码，填写《增值税抵扣凭证调查结果清单》（以下简称《结果清单》），撰写《增值税抵扣凭证案件协查报告》（以下简称《协查报告》）。
（五）查实被查对象存在税收违法行为并作出相应税务处理或税务行政处罚，依据《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》和入库凭证，在协查系统内依据纳税人和协查函号录入所检查发票对应的查处结果和入库结果。
（六）依据《涉税案件移送书》在协查系统内录入被查对象移送司法机关情况。
（七）依据《协查案卷》的要求组卷。
（八）在协查系统内回复协查结果信息，并依据委托方《协查要求》在1个工作日内按照案件保密的有关要求寄送纸质证明资料。
第十四条受托方在检查工作中，需要取得涉案对象的税务登记、注销、纳税申报、出口退税等征管资料和证明材料的，应向其主管税务机关提出要求。主管税务机关应在5个工作日内提供相关资料并出具相应的证明材料。
第十五条受托方应按期回函。除有特殊要求外，应在收到协查函后30日内回函。
国家税务总局稽查局组织查办或督办的案件，或有特殊要求的其他重大案件协查，回函期限与上述要求不一致的，以《协查要求》为准。
第十六条国家税务总局稽查局组织查办或督办的案件，或有特殊要求的其他重大案件协查，受托方如遇特殊情况不能按时完成协查任务的，应在到期5日前，在协查系统内填写《协查延期申请》，逐级上报至国家税务总局稽查局。经国家税务总局稽查局审批同意后，在核准的期限内完成协查工作并回复协查函。
第四章
监控管理
第十七条协查信息由协查系统自动传输。协查系统不能实现自动分捡的，应在收到协查函3个工作日内按照受托方纳税人识别号、纳税人名称、地址等依次进行人工分捡。
第十八条稽查局应监控本单位受托协查的进展情况，市以上稽查局应监控下级的委托、受托协查工作情况，全面掌握本地区协查工作的动态，及时提醒和督办。
第十九条受托协查累计按期回复率应达到100%，通过协查系统考核。经国家税务总局稽查局同意延期的，按延长后的期限进行考核。
受托协查累计按期回复率＝累计按期回复发票份数/（累计按期回复发票份数+逾期发票份数）×100％。
第二十条将委托协查信息完整率、受托协查信息完整率、选票准确率作为监控指标，通过协查系统考核。
委托协查信息完整率＝必填考核项目/当期发起委托协查发票数量×全部考核项目×100％。
受托协查信息完整率＝必填考核项目/当期回复受托协查发票数量×全部考核项目×100％。
必填考核项目在协查系统中自动设置。
选票准确率=协查结果有问题发票份数/收到协查结果发票份数×100％。
第五章
系统管理
第二十一条协查系统的使用权在稽查局。各省稽查局负责确定和批准修改本地区下级稽查局人员的使用权设置，报税务总局稽查局备案。
稽查局需变更协查授权的，应逐级上报《协查信息管理系统用户授权变更申请报告》。市以下稽查局协查系统的用户授权变更由省稽查局审批，报税务总局稽查局备案。省稽查局审批同意后交同级信息中心处理。
省稽查局协查系统的用户授权变更由税务总局稽查局审批，税务总局稽查局审批同意后交税务总局呼叫中心处理。
《协查信息管理系统用户授权变更申请报告》内容包括：用户授权变更的原因，新旧用户授权名称、代码、联系人和联系电话、用户授权变更的日期。
报税务总局稽查局备案的资料包括市以下稽查局的《协查信息管理系统用户授权变更申请报告》和省稽查局的批复意见。
第二十二条稽查局确实需要修改数据的，应填写《协查信息管理系统运行重大情况报告单》，逐级上报至税务总局稽查局审批。税务总局稽查局审批同意后交税务总局呼叫中心处理。
第二十三条稽查局发现协查系统不能正常工作，应在发现当日填写《协查信息管理系统运行重大情况报告单》，交同级信息中心处理。信息中心和稽查局共同核查后，无法解决的问题，应逐级上报至省信息中心和稽查局。问题在2日内没有解决的，省信息中心应上报税务总局呼叫中心，省稽查局应将《协查信息管理系统运行重大情况报告单》上报税务总局稽查局。税务总局呼叫中心统一组织对各省上报问题的处理。
第二十四条稽查局应及时对本单位的通讯录信息进行更新。
第六章
资料管理
第二十五条立案检查的协查资料同稽查案件一并归档。没有立案检查的协查资料，按照协查编号或纳税人名称进行归档。
第二十六条委托方归档资料包括《增值税抵扣凭证协查函》、增值税抵扣凭证复印件、《协查要求》、《已证实虚开通知单》、《税务处理决定书》、《税务行政处罚决定书》及税款入库凭证、受托方寄送的《协查案卷》等。
第二十七条受方归档资料包括委托方寄送的《协查要求》及《已证实虚开通知单》、《协查案卷》、《协查延期申请》等。
第二十八条其他应归档的资料包括《协查信息管理系统运行重大情况报告单》、《协查信息管理系统用户授权变更申请报告》等。
第七章 附则
第二十九条海关进口增值税专用缴款书和农副产品收购发票的纸质协查工作的管理，参照本办法执行。
第三十条本办法适用于协查工作中涉及的各级税务机关。
第三十一条各省稽查局可依据本办法对辖区内协查工作制定相关的考核制度和奖惩办法。
第三十二条本办法自发布之日起施行。原《增值税专用发票协查管理办法》、《协查信息管理系统暂行管理办法》、《金税工程稽查部门岗位设置及职责（试行）》、《协查信息管理系统安装节点变更制度》、《金税工程协查信息管理系统机外工作规程》同时废止。
